Институт лингвистических исследований является старейшим в стране научно-исследовательским учреждением гуманитарного профиля. Под разными названиями и с менявшимся организационно-правовым статусом он существует с 1783 г. Свой современный статус и название ИЛИ РАН обрел в 1991 г.
На протяжении XX в. институт возглавляли академик Н. Я. Марр, академик И. И. Мещанинов, член-корреспондент РАН А. В. Десницкая, член-корреспондент РАН А. И. Домашнев.
Многие десятилетия институт является центром описания и изучения русского языка, языков малочисленных народов Крайнего Севера, Сибири и Дальнего Востока России. Это единственный в стране институт, в задачу которого входит изучение палеоазиатских, самодийских, тунгусо-маньчжурских, монгольских и тюркских языков.
ИЛИ — признанный центр русской академической лексикографии. Здесь ведется работа по составлению и изданию толковых, диалектных и исторических словарей русского языка. В течение 115 лет в ИЛИ создается уникальная словарная картотека, насчитывающая более 8 млн карточек-цитат.
Исследования в области теории и типологии языков мира составляют еще одну важную задачу института.
В настоящее время институт включает семь научных подразделений.
В Отделе теории грамматики разрабатывается оригинальная концепция теории функциональной грамматики (петербургская школа функциональной грамматики), оказавшая существенное влияние на развитие грамматической теории не только в России, но и за ее пределами. В последние годы Отдел стал одним из признанных центров изучения детской речи.
В Лаборатории типологического изучения языков исследуются грамматические категории глагола, связанные с синтаксисом, семантикой и прагматикой предложения. Начиная с 1969 г. было издано более десятка коллективных монографий, посвященных типологическому описанию глагольных конструкций в разноструктурных языках.
Отдел сравнительно-исторического изучения индоевропейских языков и ареальных исследований является единственным в стране научным коллективом, осуществляющим комплексное изучение индоевропейских языков. С 1995 г. отдел работает над проектом Индоевропейского компьютерного тезауруса, предполагающим создание компьютерной базы этимологических данных, учитывающей максимальное число индоевропейских языков, и над созданием «Малого диалектологического атласа балканских языков».
Два отдела занимаются языками народов Российской Федерации — Отдел палеоазиатских и самодийских языков и Отдел алтайских языков.
В 2001 г. была открыта Лаборатория лингвистических информационных технологий.
При ИЛИ действует специализированная библиотека (Отдел БАН — более 120 тыс. единиц хранения), фондами которой пользуются сотрудники института и специалисты из других научных учреждений.
Наиболее крупными публикациями последних лет являются:
- Словарь современного русского литературного языка» (в 17-ти т.);
- Словарь русского языка» (в 4-х т., ред. А. П. Евгеньева);
- «Словарь русских народных говоров» (36 вып., ред. Ф. П. Сороколетов);
- серия «Новое в русской лексике» и «Словарь новых слов русского языка» (ред. Н. 3. Котелова и Е. А. Левашов);
- «Словарь русского языка XVIII в.» (12 вып.);
- «Словарь русского языка ХIХ в.» (в 2003 г. опубликован проект);
- «Теория функциональной грамматики» (т. 1—6, под ред. А. Б. Бондарко);
- серия коллективных монографий по типологии глагольных конструкций (опубликованы 7 книг под ред. А. А. Холодовича, В. П. Недялкова, В. С. Храковского; почти все переведены на английский язык);
- А. В. Бондарко, «Теория значения в системе функциональной грамматики» (М., 2002);
- В. С. Храковский, «Теория языкознания. Русистика. Арабистика»;
- В. С. Храковский, А. П. Володин, «Семантика и типология императива. Русский императив» (2-е изд. М., 2002);
- «История лингвистических учений» (в 4-х т., Л. (СПб.), 1980—1991, коллективный труд, отв. ред. А. В. Десницкая и С. Д. Кацнельсон);
- «Основы балканского языкознания» (в 2-х т., СПб., 1988— 1995); М. В. Домосилецкая, «Албанско-восточнороманский сопоставительный понятийный словарь. Скотоводческая лексика» (СПб., 2002);
- В. И. Цинциус (отв. ред.), «Сравнительный словарь тунгусо-маньчжурских языков» (Л., 1975—1977);
- А. М. Щербак, «Ранние тюркско-монгольскпе языковые связи» (СПб., 1997);
- Н. Б. Бахтин, «Языки народов Севера в XX в.» (СПб., 2001).
С 2003 г. в институте возобновлена Служба русского языка, благодаря которой любой позвонивший по телефону 38 1612 по рабочим дням с 12.00 до 16.00 может получить консультацию квалифицированного специалиста.
В Институте проходят ежегодные конференции (Чтения памяти проф. II. М. Тройского, Совещание по Лексическому атласу русских народных говоров), а также почти ежегодно проводятся международные конференции по проблемам функциональной грамматики и типологии языков.
С 1972 г. институт выпускал серию »Лингвистические исследования». С 2003 г. выходит новое издание — «Труды Института лингвистических исследований. Acta Linguistica Petropolitana».